海巡署自2018年起，針對所有進港船舶實施全面檢查，特別聚焦來自疫情警示地區的貨輪，以應對中國近期豬肉價格暴跌帶來的走私風險。中國豬肉價格降至每台斤新台幣6元，與台灣目前每台斤約180元的價格相差甚遠，不排除有不法業者為牟取暴利，通過走私方式將低價豬肉帶入台灣。為防範疫病透過走私入侵，海巡署已制定專案計畫及處置標準作業程序（SOP），並秉持「防堵海漂、主動監控、嚴格查驗、即時應變」四大原則，持續強化防疫工作。
海巡署的防疫措施可分為四大類：
首先，海上巡查方面，海巡署利用岸際雷達系統，對海上目標進行嚴密監控。對從海峽中線由西往東移動或偏離預定航道的可疑船舶，將立即通知在航的艦船或派遣無人機進行查驗。對於來自疫區的可疑船舶，將加強登船檢查的頻率和力度，以阻斷任何可能夾帶未經核准動物產品的風險。
其次，港口安檢方面，自2018年起，所有進港船舶均需接受100%檢查，特別是來自疫情警示地區的貨輪。檢查重點包括廚房、食材儲藏室及冷凍櫃等區域，以防止潛在病毒的傳入。
再者，灘岸搜索方面，海巡署將過去的高風險走私、偷渡重點區域列為巡查重點，並在24小時常態巡邏的基礎上，於重點時段擴大巡查範圍，以最高強度應對高風險區域。
最後，政策宣導方面，海巡署利用各種機會進行宣導，包括漁會理事會議、漁船進出港檢查等，並通過各安檢所的跑馬燈和公佈欄等設施，多渠道宣傳禁止攜帶（運輸）未經核准的動植物及其製品入境的規定與罰則。
海巡署強調，一旦發現載有走私活（屠）體動物及其製品，將依標準作業程序將涉案人、船移送地檢署；對於來自中國的船舶，如發現殘羹、廚餘及其肉（產）製品，一律禁止上岸，並通報當地檢疫機構進行銷毀。
海巡署的這些措施旨在有效防範疫病的傳入，保障台灣的生豬產業和公眾健康。