海巡署自2018年起，針對所有進港船舶實施全面檢查，特別是來自疫情警示地區的貨輪。隨著中國近期豬肉價格大幅下跌，每台斤僅新台幣6元，遠低於台灣目前每台斤約180元的價格，不法業者可能通過走私牟取暴利。為防止疫病隨走私物品入侵，海巡署已制定專案計畫和處置標準作業程序（SOP），秉持「防堵海漂、主動監控、嚴格查驗、即時應變」四大原則，全面落實防疫工作。
海巡署的防疫措施主要分為四個方面：
首先，在海上巡查方面，海巡署利用岸際雷達系統，持續嚴密監控海上目標。對於從海峽中線由西往東移動或偏離預定航道的可疑船舶，將即時通報艦船艇或派遣無人機前往查驗。對來自疫區的可疑船舶，將加強登船檢查的頻率和強度，從源頭阻斷任何可能夾帶未經核准動物產品的風險。
其次，在港口安檢方面，自2018年起，海巡署對所有進港船舶實施100%檢查，特別關注來自疫情警示地區的貨輪。檢查重點包括廚房、食材儲藏室和冷凍櫃等區域，確保潛在的病毒風險不會進入台灣。
再者，在灘岸搜索方面，海巡署將過去走私和偷渡高風險區域列為重點搜索對象。除了24小時常態巡邏外，還在重點時段擴大巡查範圍，以最高強度應對高風險區域。
最後，在政策宣導方面，海巡署通過各種機會向民眾宣導相關規定，如在漁會理事會議、漁船進出港檢查等場合，強調禁止攜帶（運輸）未經核准的動植物及其產製品入境的規定和罰則。此外，海巡署還利用各安檢所的跑馬燈和公佈欄等設施進行廣泛宣導。
海巡署表示，一旦發現載有走私活（屠）體動物及其產製品，將依照標準作業程序將涉案人員和船舶移送地檢署。對於帶案中國船舶，如發現殘羹、廚餘及其肉（產）製品，均嚴禁攜帶上岸，並將通報當地檢疫機關進行銷毀。
海巡署的這一系列措施，旨在全面防範疫病通過走私渠道傳入台灣，保障國內農業安全和公眾健康。