自2018年起，海巡署已對所有進港船舶實施100%檢查，特別針對來自疫情警示地區的貨輪進行重點檢查，以確保防疫措施落實到位。近期，由於中國豬肉價格暴跌，每台斤僅售6元新台幣，而台灣的豬肉價格則高達每台斤180元新台幣，這一價格差異可能誘發不法業者通過走私牟取暴利。為此，海巡署已制定專門的防疫計劃及標準操作程序，秉持「防堵海漂、主動監控、嚴格查驗、即時應變」四大原則，全面落實防疫工作。
海巡署的防疫措施主要分為四個方面：
首先，在海上巡查方面，海巡署利用岸際雷達系統，對海上目標進行持續監控。對從海峽中線由西往東移動或偏離預定航道的可疑船舶，海巡署將立即通報在航艦船艇或派遣無人機進行查察。對來自疫區的可疑船舶，將加大登檢強度和頻次，從源頭阻斷任何夾帶未經核准動物產品的風險。
其次，在港口安檢方面，自2018年起，海巡署對所有進港船舶實施100%檢查，特別是來自疫情警示地區的貨輪。檢查重點包括廚房、食材儲藏室和冷凍櫃等易藏匿違禁肉品的區域，以確保將任何潛在的病毒風險阻於國門之外。
再者，在灘岸搜索方面，海巡署將過去易發生走私和偷渡的高風險區域列為重點巡查對象。除了24小時常態巡邏外，還在重點時段加大巡查力度，以最高強度應對高風險區域。
最後，在政策宣導方面，海巡署利用各種機會向民眾宣傳禁止攜帶未經核准的動植物及其製品入境的規定和罰則。這些宣傳活動包括在漁會理事會議、漁船進出港檢查等場合，以及利用安檢所的跑馬燈和公佈欄等設施進行廣泛宣傳。
海巡署強調，一旦發現載有走私活（屠）體動物及其製品的船舶，將立即按照標準作業程序將涉案人、船移送地檢署處理。對於中國船舶，若發現殘羹、廚餘及其肉製品，一律禁止帶上岸，並通報當地檢疫機關派員銷毀。
這些措施旨在確保疫情不會通過走私渠道入侵台灣，維護國內市場的穩定和公眾健康安全。