藍白聯盟在立法院程序委員會阻擊行政院提出的財政規劃案，引起高雄市議員黃文益的強烈批評。根據黃文益在市政總質詢中的指責，行政院版財劃案能夠全面考慮區域差異，最能反映高雄的實際需求，而目前立法院通過的版本則對高雄財政構成不利影響，甚至比現行財政規模更小。
黃文益指出，行政院版財劃案在財源分配上新增了「產業外部成本」12%，將南部地區因重工業污染所承受的環境代價納入考量；新增了農林漁牧6%產值指標，以兼顧南部農漁村的發展與糧食安全；同時，提高了土地面積權重至18%，並納入工業人口、農漁人口及老年人口等指標，貼近南部城市的治理負擔。這些措施有助於維持高雄現有的財政規模，甚至更具前瞻性。
然而，黃文益表示，11月25日立法院程序委員會的會議中，藍白聯盟9位立委皆贊成民眾黨團暫緩列案的建議，其中包含國民黨立委陳菁徽，導致行政院版財劃案無法進入討論程序。黃文益認為，這不僅是對高雄未來發展的不利影響，更是對高雄市民利益的侵害。
對於行政院版財劃案的質疑，國民黨立委柯志恩表示，綠營民代將矛頭指向她，質疑她對不起高雄人，但她強調確實肯定行政院版的分配指標，但強烈質疑其蓋牌和數字不明，並質疑為何比立院三讀通過的版本還少2000多億，且至今未公布各縣市的試算結果。柯志恩呼籲，應誠實公開各縣市試算結果，以示公正。
高雄市長陳其邁則表示，行政院版或立院版財劃案若未交由委員會審查，這都是不對的事情，呼籲至少讓行政院版本付委，給予討論機會。