2025年11月28日，台肥公司公告代表人異動，原由農業部指派的吳音寧不再擔任台肥董事職務，理由為「本人婉拒」。此消息突顯台肥近期的人事變動。此前，吳音寧於10月31日出任農業部指派法人董事代表人，外界一度猜測她可能接任台肥董事長，引發輿論風波。然而，11月4日的董事會選舉結果出人意料，台肥總經理張滄郎被選為新任董事長，吳音寧也未出席董事會。
吳音寧曾在臉書上表示，她收到了大家的支持與鼓勵，並感謝大家的鼓勵，但她對政治的批評持有豁達態度，認為這只是一時的，很快會過去。她表示，不管在什麼位置，都會繼續努力，勇往向前。對於吳音寧請辭的原因，記者致電求證，但未獲回應。
回顧台肥這起人事風波，原董事長李孫榮於去年6月26日接任董事長職位，任期至2027年6月25日，僅一年餘便被撤換，引發在野黨的抨擊，綠營內部也出現不滿聲浪。此次吳音寧婉拒出任董事長，顯示台肥人事變動的複雜性，也反映了政治因素在企業管理中的影響。
農業部對於人事安排後續表示「不特別回應」，僅對此舉保持低調態度。此舉不僅影響台肥公司的管理層變動，也可能對台灣農業與化學肥料市場帶來一定的影響，值得持續關注。