中央研究院院長廖俊智的任期將於明年六月結束，院方已開始準備新任院長的遴選程序。外傳前副總統陳建仁成為熱門人選，而副院長周美吟和經濟研究所特聘研究員朱敬一也被視為可能候選人。在院長接班人選成為焦點之際，院士陳培哲表示，當前更迫切需要討論的，是中研院作為國家最高研究機構的存廢問題。
陳培哲指出，中研院成立於民國初年，其制度設計已無法滿足當前時代的需求，並在學術和資源分配上引發了不公平的情況。中研院享有政府提供的穩定預算，各研究單位的資源相對豐富，但仍與國內大學競爭國科會研究經費，這種情況在其他國家可能會引發廣泛質疑。
他進一步分析，全球多數國家已不再設立具實質研究功能的國家科學院，或已將其轉型為「虛級化」機構，保留院士的榮譽地位，而將研究任務交由大學和研究機構承擔。目前仍維持直屬中央政府研究機構的國家，主要是中國大陸和俄羅斯等極權體制國家。
陳培哲倡議，應推動中研院「虛級化」，保留院士的榮譽地位，並將研究功能全面回歸各國立大學，以促進國內學術生態的均衡發展。他強調，與其在院長人選上費盡心思，不如深入探討中研院存廢的問題，這將更符合國家長遠的學術發展需求。