2025年11月25日，立法院繼續對行政院長卓榮泰的施政報告進行質詢。針對財政收支劃分法（財劃法）的修法問題，民眾黨團和國民黨團在立法院程序委員會中，以人數優勢暫緩了行政院版「財政收支劃分法修正草案」的列案。民進黨立委邱議瑩在質詢中提到，前國民黨智庫執行長、立委柯志恩曾稱讚行政院版財劃法的指標細緻，但尚未表明投票意向。卓榮泰回應表示，希望各黨派能夠以民意為依歸，共同推動法案的進程。
邱議瑩在質詢中指出，財劃法的修法過程歷經多次調整，但法案是否越修越偏離軌道值得關注。卓榮泰則強調，根據11月14日的修訂版，地方拿走了更多財政資源，但未考慮事權分配，這對中央財政造成了嚴重影響。他指出，去年通過的新版財劃法同樣存在問題，即地方拿了錢卻不進行事權分配，這使得中央與地方的權責關係無法得到有效落實。
卓榮泰進一步解釋，國民黨版的財劃法修法問題越來越大，首次修訂時出現了離島345億元的問題，第二次則導致中央政府無法編列預算，這是一個更大的問題。他強調，行政院版的財劃法在分配指標上更加細緻，考慮到了離島、人口結構以及直轄市與工農業縣市的不同需求，這些制度性的改善值得肯定。
邱議瑩詢問，行政院是否已經與在野黨委員進行了充分溝通，以說明行政院版財劃法的可行性和公平性。卓榮泰表示，過去一年，行政院已經多次與地方政府和地方首長進行意見交換和溝通。在立法院層面，行政院也通過執政黨團在協商過程中提出相關意見，並在協商前向在野黨說明院版財劃法的內容和精神。然而，目前的結果並未如預期。
卓榮泰呼籲，希望國民黨和民眾黨能夠心平氣和地審視行政院版財劃法，評估其是否更公平、合理。他強調，財劃法修法的最終目的是為了促進中央與地方的協調發展，確保地方自治的精神得到有效落實。邱議瑩補充，柯志恩曾表示，行政院版財劃法的分配指標更為細緻，兼顧了離島和人口結構，這些改進值得肯定。然而，柯志恩尚未明確表示會支持哪個版本。
最後，邱議瑩指出，財劃法的亂修將導致地方政府和地方人民受苦，最終影響全體民眾。卓榮泰強調，許多地方立委要求中央補助，但卻不願談論財劃法，這是一種矛盾的態度。他強調，如果要確保中央能夠提供補助，就必須修訂到行政院版財劃法，這才是解決問題的關鍵。